実験母艦レムリアを旗艦に、コード名称 ビショップ計画の下コレヒドール宙域に展開した実験部隊は、モビルスーツ型サイコミュ搭載母機の実用試験を行うため、MS-06Z型試作機3機による有線誘導式ビーム砲のテストを繰り返した。本計画では開発本部で選出された複数名の適合パイロットの中から、最終的に専任担当として3名のパイロットが充当された。本国防空本隊所属パイロットがこれらに参画したのは、突撃機動軍所管のサイコミュ搭載機MAN-08実験部隊と完全に指揮系統が異なる中で計画が進行していたことによる。
本部隊はア・バオア・クー大要塞の軍事工廠で建造中のMS-16X型モビルスーツ開発のために必要なデータ収集（主に搭載ビーム兵器と誘導システム）のため、ダウンスケール機である06Z型の機動テストと高機動展開時のサイコミュ・システムによる遠隔操作テストに従事した。
MS-06Z型母機にはMS-16Xで使用予定の腕部内蔵式ビーム砲と、MS-06と同格の大きさまで小型化したビーム砲の2種が用意され、後者は2号機に搭載されたが出力系統にトラブルが頻発し、追って他の1・3号機と同形式のものに改められている。コレヒドール外延部哨戒中の連邦軍艦艇と交戦状態となった折、攻撃を受けたこの2号機は特に機体の損傷が激しく、修復のため本国に送致されている（この小規模戦闘については、コレヒドール別宙域で部隊編成中のキマイラ特別機動大隊からスクゥト ブースターの実用試験で出ていた偵察機が遭遇したことで記録が残されている）。
月面基地グラナダ工廠に送られた2号機には、MS-16Xで予定されていた推進エンジンを一部転用した合計8基からなるロケットモーターが固定式に設置された。おりしも機体番号統合令により、MS-16Xには新たにMSNの承認記号（モビルスーツ型サイコミュ対応機として02型とされた）が与えられることなったため、その第2次実験母機としてこのMS-06Z 2号機には改めてMSN-01の形式番号が付与された。グラナダ基地で慣熟飛行試験を行った際は、ホワイトグレーとフレイムレッドの視認塗装が施されたが、実験部隊に戻された時点でグレーを基調とした本国防空本隊使用の迷彩塗装が施された。この専任パイロットは他の06Z型共々この01型でア・バオア・クー攻防戦に実戦参加したとされる。