為了提高渣古的速度和機動性而開發的MS-06R，在配置於實戰後在各部隊雖可看見不少細部改裝的例子（由於採用現地改裝組件，故無需申請批准細分編號），但其中最為人知的重大改裝應為腿部火箭發動機的油箱改裝，可使其能分離與填裝。在使用R型作戰時，曾以擁有專用補給設備的姆賽型巡洋艦與女武神級裝甲航空母艦為補給母艦。然而，魯姆戰役後的自護公國軍裡並無高水準的駕駛員能以高效率方式操縱需大量消耗燃料的R型機體。因此才將消耗最多燃料的腿部油箱改裝成替換式設計。在最初製造出來的22架機體完成後，這一規格便套用於生產線上所有預備將追加製造的機體，並且有10多架最初製造的機體也接受了相同的改裝。後來為了區分此規格與初期所製造的R型機體，便賦予其MS-06R-1A的編號。編有此R型機體或由R型機體組成的小隊中，必定會伴隨著在作戰宙域中負責補給作業的F型渣古。
此外，這些機體從R-1A規格以後，在駕駛艙中還裝有可讓駕駛員緊急時逃生的裝置。
而總軍成立時在教學機動大隊中赫赫有名的機動戰士老練駕駛員——蓋亞上尉、馬修中尉與奧爾迪加中尉，在突擊機動軍第七師第一MS大隊司令部附屬特務小隊中被稱為黑色三連星，三人亦駕駛上述的MS-06R-1A。他們以愛用的「連續噴射氣流攻擊」陣型取得了多項戰果。據說以黑色為基調的色彩塗裝便是黑色三連星的專屬個人配色。