ザクの高速・高機動化を図るために開発されたMS-06Rには、実戦配備後に各部隊で施されたと見られる細かな改修例（現地改修キットの導入により枝番承認の対象にはなっていない）が少なからず存在するが、もっとも大きな改修例として知られるのは脚部ロケットモーターの燃料タンクを分離・装填可能に改装したものであろう。R型の作戦使用時には専用の供給装備を持つムサイ型巡洋艦とヴァルキリー級装甲空母が補給母艦として用いられた。しかし燃料消費の大きいR型を効率よく稼動させることの出来る錬度を持つパイロットばかりとも言える状況にルウム戦役後のジオン公国軍はなかった。そこでもっとも消耗の大きい脚部燃料タンクを交換方式に改めた改設計が行われた。この仕様は初期製造分22機完成後の製造ラインに準備された追加製造分からすべてに適用され、さらに初期製造分のうち10数機も後に同様の改修を受けている。これによってこの仕様の機体には初期製造分R型と区別するため、MS-06R-1Aの承認番号が与えられた。このR型を含むあるいはR型で編成される小隊には、必ず作戦宙域で補給作業用のF型ザクがそれぞれ随伴した。
またこれらに合わせてR-1A仕様からの機体には、操縦区画そのものに緊急時のパイロット回収用スレッドが組み込まれている。
総軍設立時の教導機動大隊からモビルスーツの熟練パイロットとして名を馳せた突撃機動軍第7師団第1MS大隊司令部付き特務小隊で黒い三連星と呼ばれるガイア大尉、マッシュ中尉、オルテガ中尉も上記のMS-06R-1Aを使用。彼らが好んで使ったジェット・ストリーム・アタックの攻撃フォーメーションで多くの戦果を上げた。またパーソナルカラーで黒を基調とした基本塗装を施しているR型仕様機はこのチームのものだけだといわれている。