吉翁军通过近地轨道攻击地表并试图占领地球联邦军主要军事据点的尝试并没有获得直截了当的成果，而后编制了地球攻击军，为地面压制作战组建了陆战部队并实施了第一次及第二次地球降落作战。虽以占领据点为中心获得了制空权，但为了确保补给通道等原因而掌握制海权，吉翁海军决定开发作为主力装甲机动兵器， 着眼于水中格斗战的区域用机动战士。为开发针对水中作战的多种不同用途的MS，从MS-06C改装而来的先驱测试型号即为MS-06M。将深海作业也纳入考量的设计方案如能顺利将马上能够投入量产，但由于实际机体在水中收到的阻力，以及主发电机的冷却问题等原因，它并未能达到所需的性能。但为了开发搭载于MS的小型水流引擎，它仍然作为水中固定武器的实用试验机而继续被投入运用。专用设计机MSM系列投入实战的同时，已生产的共7架本机也全数配属至了各战线上的潜水舰队。代替扎古机枪的水中武器“潜用火箭枪”与机体为同时开发，机体投入实战后还增设了在MSM系列中运用的固定兵器。战后被联邦军俘获的数架本机经过了联邦军的机体操作面改修后重新被投入使用。