自護軍透過近地軌道攻擊地表並試圖佔領地球聯邦軍主要軍事據點的嘗試並沒有獲得直截了當的成果，而後編制了地球攻擊軍，為地面壓制作戰組建了陸戰部隊並實施了第一次及第二次地球降落作戰。雖以佔領據點為中心獲得了制空權，但為了確保補給通路等原因而掌握制海權，自護海軍決定開發主力裝甲機動兵器， 並著眼於水中格鬥戰的區域用機動戰士。為開發針對水中作戰且多種不同用途的MS，從MS-06C改裝而來的先驅測試型號即為MS-06M。將深海作業也納入考量的設計方案如能順利，將馬上能夠投入量產，但由於實際機體在水中受到的阻力，以及主發電機的冷卻問題等原因，它並未能達到所需的性能。但為了開發搭載於MS的小型水流引擎，它仍然作為水中固定武器的實用試驗機而繼續被投入運用。專用設計機MSM系列投入實戰的同時，已生產的共7架本機也全數配屬至了各戰線上的潛水艦隊。代替渣古機槍的水中武器「潛用火箭槍」與機體為同時開發，機體投入實戰後還增設了在MSM系列中運用的固定兵器。戰後被聯邦軍俘獲的數架本機經過了聯邦軍的機體操作面改修後重新被投入使用。