MS-06Rは主力機動兵器として完成の域に達していたMS-06（F）のさらなる性能向上を目的として、06型を設計製造したジオニック社からの提言を汲み上げる形で軍が開発を承認した機体である。その背景には高い操縦能力を示すパイロットの練成が進んでいたことで、様々な作戦に対応する汎用性を盛り込んで設計された06型モビルスーツに、純粋な宇宙戦闘の場面でより攻撃能力の高さが求められたことがある。本開発の主眼は、まさに当初の06型をより機動性の優れたものとするところにあった。高速・高機動に特化したザクである。
本機に施された改修点は大きく分けて三つ。背面ロケットバーニアの推力をF型のほぼ倍に匹敵するとするもの。そして脚部にも高機動対応型ロケットモーターを設置。さらに装甲材レイアウトの一部変更に合わせて機体各部インテグラルタンクの大型化が図られた。
試作1、2号機はグラナダの工廠で製造ラインにあったF型（後期生産型）を改造することで製作されており、それぞれオレンジイエローの塗装に合わせてレーザー計測用シグナルポイントが機体各部に施された。グラナダ基地のテストでは、06型開発当初よりテストパイロットを担当したエリオット・レム少佐を配し、2週間に渡る各種機能評価を行った結果、設計性能を上回る極めて優秀な機体であることが証明された（実際は担当パイロットの技量によるところも大きかったのだが）。後に機体番号統合令が発令された折に、これらR型試作機にはMS-06RPの識別承認番号が与えられている。
この仕様に基づく第一次生産ラインとしては22機が製造されており、後に実戦部隊に配備されて実用評価の結果一部改設計が行われた機体（R-1A）と分類するため、この初期製造分の機体はMS-06Rの通用呼称からMS-06R-1として区別されている。MS-06Rシリーズで制定された基本塗装にはMS-06の総軍標準迷彩色が採用されているが、配備先の専任パイロットがほぼ尉官以上であったことから、パーソナルカラーの使用例が多く確認されている。