MS-06R是旨在将作为主力机动武器接近完成的MS-06 (F)的性能进一步提高为目的，在汲取了06型的设计制造公司的建议后，由军方批准开发的机体。其设计背景是已在训练具有极高驾驶技术的机师上取得了一定的成果，所以在适用于各种作战状况而设计的通用性MS-06基础上，更加追求在纯粹宇宙环境下作战时的攻击能力。开发重点目标即为在运动性上超越当初的06型，故本机最终在高速度和高机动性上作了针对性强化。
本机的修改点大致有三点。首先是背后火箭助推器的推进力几乎相当于F型的两倍。还在腿部安装了高机动性的火箭发动机。此外，结合装甲材料布局的部分变化，计划增加机身各部分的油箱容量。
原型1号和2号机组是通过改造格拉纳达工厂生产线上的F型 (后期生产型) 制造的，机体各部分都装上了与橙黄色涂装相符的激光测量用信号点。在格拉纳达基地的测试中，我们从06型开发初期就安排了负责试飞的Elliott Lem少校，并进行了为期两周的各项功能评估，结果证明它是一台超越了设计性能的优秀机体 (主要是由于负责飞行员的技术) 。后来，当发布机体编号统合令时，这些R型原型被赋予MS-06RP的识别认证编号。
以此为基础，第一次生产了一共22台机体，为了与后来在实战部队配备， 并根据实用评价的结果进行了一部分设计更改的机体(R-1A)做区分，这些改造后的机体从MS-06R的通用称呼改为MS-06R-1。MS-06R系列制定的基本涂装采用了MS-06的总军标准迷彩色，但由于配备的专职驾驶员几乎都是尉官以上的人员，所以使用个人颜色的例子也不在少数。