一年戰爭爆發後，自護國入侵地球，開始開發可以在覆蓋地球的海洋中行動、也可以在水下行動的MS。在水下機動戰士的開發中，以高氣密性宇宙用“MS-06F渣古II”為基礎製作了原型機，並被稱為“MS-06M水下渣古”。原型機配備了配備水流發動機的背包，手臂和腿部放置了輔助推進裝置，強調水下移動能力。此外，還增加了壓載艙，用於水下姿態控制和飛機的漂浮/下沉。
雖然這種飛機的改進得到了推廣，但問題在於它是基於“MS-06 F Zaku II”。發現進行水下作業實驗時，無法避免淹沒在關節部位。儘管對可移動部分應用了防水密封，但它並沒有成為解決問題的大方案。此外，基於“MS-06F Zaku II”的形狀本身在水下行為時成為大阻力成為問題。從這個結果來看，決定兩棲流動服必須在水面阻力低的形狀和連接機構的前提下進行設計和開發。
基於這些結果，作為原型誕生的“MS-06M Underwater Zaku”是收集兩棲移動式服裝開發數據的主要任務。
生產的5艘原型機部署到北大西洋的潛艇艦隊<海蛇>，配備水下亞閉鎖炮、布朗尼M8型240毫米四聯火箭吊艙等，並收集作戰數據。此外，還將生產並重新部署兩艘，以測試部署在全球各地的自護潛艇艦隊的特殊反艦武器。 〈紅海豚〉中隊有2人，〈綠海妖〉中隊、〈娜迦III〉中隊、〈蝠鱝〉中隊各各有1人，〈海蛇〉中隊各有2人。
此後，隨著兩棲MS的完成，從收集作戰數據的任務中釋放出來的“MS-06M水下渣古”被重新分類為兩棲MS，並被賦予型號“MSM-01”。而一年戰爭後半段，“地中海登陸入侵行動”中，在敖德薩行動中戰敗的自護士兵越過地中海加入非洲戰線，〈紅海豚〉軍團協助他們的運輸和逃亡。
戰爭結束後，地球聯邦軍隊記錄了“MS-06M Underwater Zaku”，並記錄為“海軍·Haizack”，在Grips戰爭期間被替換為駕駛艙和框架。